Ο Λευκός Πύργος κτίστηκε το 15ο αι., μετά την άλωση της Θεσσαλονίκης από τους Οθωμανούς το 1430
Στη θέση του υπήρχε παλαιότερος πύργος της βυζαντινής οχύρωσης της Θεσσαλονίκης, στο σημείο που το ανατολικό τείχος συναντούσε το τείχος της θάλασσας.
Ο Πύργος αποτελούσε το ανατολικό άκρο του θαλάσσιου τείχους, υπήρχε άλλος ένας στο δυτικό άκρο και τρίτος στο ενδιάμεσο.
Μετά την απελευθέρωση της πόλης το 1912 και την ενσωμάτωση της στο ελληνικό κράτος, ο Πύργος είχε διάφορες χρήσεις. Στη διάρκεια του Α’ Παγκοσμίου πολέμου ένας όροφος χρησιμοποιήθηκε για τη φύλαξη των αρχαιοτήτων από τις ανασκαφές που έκανε η αρχαιολογική υπηρεσία της Στρατιάς της Ανατολής.
Στους χώρους του φιλοξενήθηκαν η αεράμυνα της πόλης, το εργαστήριο μετεωρολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου και συστήματα ναυτοπροσκόπων.
Το 1983 ο Λευκός Πύργος παραχωρήθηκε στο Υπουργείο Πολιτισμού.
Ονομασίες κατά το παρελθόν
Στην αρχή ονομαζόταν Πύργος του Λέοντος, όπως αναφέρει τουρκική επιγραφή του 1535-1536, η οποία υπήρχε στην είσοδό του εξωτερικού περιβόλου (τώρα κατεδαφισμένος) και η οποία μάλλον αναφερόταν στη χρονολογία κατασκευής του περιβόλου.
Από τον 17ο αιώνα και μετά ονομαζόταν ανεπίσημα Kelemeriye Kal’asi (Φρούριο της Καλαμαριάς) και Πύργος των Γενιτσάρων. Μετά την διάλυση του τάγματος των Γενιτσάρων το 1826, αποκτά το όνομα Kanli-Kule (Κανλί Κουλέ), δηλαδή Πύργος του Αίματος, λόγω των σφαγών από τους Γενιτσάρους.
Το όνομα διατηρείται και μετά το 1826 λόγω της λειτουργίας του ως φυλακή μελλοθανάτων βαρυποινιτών και τόπο βασανιστηρίων, οι οποίοι συχνά εκτελούνταν από τους Γενιτσάρους γεμίζοντας με αίμα τους τοίχους.
Κατά μία εκδοχή, το σύγχρονο όνομά του φαίνεται να το πήρε όταν ένας Εβραίος κατάδικος, ο Nathan Guidili, τον ασβέστωσε με αντάλλαγμα την ελευθερία του, το 1891.
Μέχρι το 1912 ο χριστιανικός πληθυσμός συνεχίζει να τον αναφέρει ως Κανλί Κουλέ, ενώ ο εβραϊκός υιοθετεί το Torre Blanca (Τόρε Μπλάνκα), ονομασία που υιοθετούν και οι Τούρκοι ως Beyaz-Kule (Μπεϊάζ Κουλέ), δηλαδή Λευκός Πύργος.
Άλλη εκδοχή, στηριγμένη στις έρευνες του Βασίλη Κ. Γούναρη πάνω σε βρετανικά αρχεία, αναφέρει πως η σημερινή ονομασία του κτίσματος δόθηκε μεταξύ των ετών 1883 και 1884 μετά από απαίτηση του σουλτάνου Αβδούλ Χαμίτ Β΄ ή από πρωτοβουλία του βαλή της πόλης Γκαλίπ, ο οποίος για να πετύχει την αλλαγή του ονόματος επικαλέστηκε το όνομα του σουλτάνου. Σύμφωνα με τον γενικό πρόξενο της Σερβίας στο Λονδίνο, James George Cotton Minchin που επισκέφτηκε τη Θεσσαλονίκη το 1884, «όλοι οι ασπριστάδες της Θεσσαλονίκης δεν θα ξεπλύνουν το αθώο αίμα που χύθηκε εκεί».
Μέσω του αρχείου της τοπικής εφημερίδας της Θεσσαλονίκης, ο Φάρος της Μακεδονίας, ο Βασίλης Γούναρης προσδιορίζει το άσπρισμα αλλά και τη μετονομασία του κτηρίου από Κανλί Κουλέ σε Μπεϊάζ Κουλέ κατά το καλοκαίρι του 1883.
Στα 1911 κατεδαφίστηκε, πριν την επίσκεψη του Σουλτάνου Μεχμέτ Ρεσάτ Ε΄, από τις οθωμανικές αρχές της πόλης, το πολυγωνικό περιτείχισμα του Πύργου.